SMAK Santo Ignatius Labuan Bajo dari masa selalu dinahkodai oleh pemimpin yang luar biasa. Mereka telah mengarahkan segala kemampuannya untuk membangun SMAK Santo Ignatius Loyola di segala aspek pendidikan. Kesuksesan SMAK Santo Ignatius Loyola juga menjadi kesuksesan mereka, sebaliknya kegagalan SMAK Santo Ignatius Loyola  juga menjadi kegagalan mereka. Tugas dan tanggung jawab tersebut mereka jalankan dalam setiap masa tugas mereka masing-masing.

Berikut adalah Kepala SMAKSanto Ignatius Loyola dari masa ke masa.

Bapak Simon pernah menjabat Pjs. sebelum Bapak Yosef Djaman datang. Baru pada tahun 1984, beliau menjadi Kepala Sekolah sampai tanggal 11 September 1985. Beliau juga mengajar mata pelajaran Agama Katolik sejaktanggal 18 Juli 1983 hingga Juni 1989. Status Bapak Simon di SMAK Santo Ignatius Loyola adalah PNS yang diperbantukan.

Bapak Yosef Djaman, BA menjabat Kepala SMAK Santo Ignatius Loyola sejak 18 Juli 1983 hingga Desember 1984. Selain menjabat KepalaSekolah, beliau mengajar mata pelajaran bahasa Inggris dan bahasa Jerman.

Sebagai seorang Imam, Pater John G. salu, SVD memiliki moto pengabdian : “Berguru pada Sang Guru”. Moto ini diambil dari pengalaman hidupnya yang berasal dari keluarga guru dan dari karya pelayanannya sejak awal, yakni di bidang pendidikan. Moto ini telah mewarnai setiap doanya: “Tuhan jadikanlah aku guru yang berhati murid”.  Karya kerasulannya di Labuan Bajo diawali dengan menjadi pastor pembantu Paroki Roh Kudus Labuan Bajo tahun 1984-1989. Pada tahun 1987, Pater John yang pernah menjadi Rektor Seminari Menengah Yohanes Paulus II Labuan Bajo diangkat menjadi Kepala SMAK Santo Ignatius Loyola Labuan Bajo pada tanggal 11 September 1985 – 11 Mei 1989. Adapun surat keputusannya adalah SK Pengangkatan bernomor: 21/3/SK/YSSAR/Kep/IX/1985, 11 September 1985 dan SK Pembebasa bernomor : 07/Ia.3/SK/YSSAR/V/1989, 11 Mei 1989. Beliau juga pernah menjadi guru bahasa Inggris, bahasa Jerman dan Agam Katolik di SMAK Santo Ignatius Loyola sejak tahun 1984 sampai 11 Mei 1989.

Pater Martinus Toke, SVD menjabat Kepala Sekolah sejak 11 Mei 1989 sampai 01 September 1996 dengan SK Pengangkatan bernomor: 07/Ia.3/SK/YSSAR/V/1989, 11 Mei 1989 dan SK Pembebasan tugas bernomor 40/Ia.3/SK/YSSAR/VI/1996, 12 juni 1996. Beliau juga merangkap peran sebagai guru Sosiologi dan Antropologi di SMAK Santo Ignatius Loyola sejak 9 September 1987 sampai 1 September 1996.

Pater Mikhael Ambong, SVD pernah menjadi Pjs. pada tanggal 19 Januari 1992 sampai 4 Januari 1993 pada saat P. Martinus Toke, SVD ke Roma. Pengangkatannya tercatat dalam SK Pengangkatan dengan nomor 03/Ia.3/SK/YSSAR/I/1992.Adapun SK pembebasan tugasnya terctat dalam SK Pembebasan bernomor 01/Ia.3/SK/YSSAR/I/1993. Pater Mikhael Ambong, SVD kembali menjadi Pjs. pada tanggal 1 September 1996 sampai 1 Oktober 1996 sebelum Pater Romualdus Pitan SVD datang. Pengangkatan nomor 46/Ia.3/SK/YSSAR/VIII/1996. Adapun SK pembebasan tugasnya tercatat dalam SK Pembebasan bernomor 54/Ia.3/SK/YSSAR/X/1996. Beliau juga terdaftar sebagai guru bahasa Jerman, bahasa Inggris, dan Kesenian sejak 22 Juli 1989 hingga tahun 2002.

Pater Romualdus Pitan, SVD menjabat Kepala Sekolah sejak tanggal 1 Oktober 1996 sampai 18 Februari 2002. Pengangkatan beliau tercatat dalam SK Pengangkatan nomor  54/Ia.3/SK/YSSAR/X/1996. Adapun pembebasan tugasnya tertuang dalam SK Pembebasan nomor : 346/Ia.3/SK/YSSAR/II/2002.

Bapak Drs.Theodorus Noka pernah menjadi Pjs. SMAK Santo Ignatius Loyola sejak tanggak 10 April 1998 sampai 22 Desember 1998 pada saat P. Romualdu Pitan, SVD ke Roma. Pengangkatannya tercatat dalam SK pengangkatan nomor 20/SKPP/YSSAR/III/1998. Adapun SK pembebasa ntugasnya tercatat dalam SK Pembebasan nomor  02/SKPP/YSSAR/XII/1998. Bapak Drs. Theodorus Noka dipercaya kembali menjabat tugas sebagai Pjs. pada tanggal 18 Februari 2002 hingga15 Juli 2002 sebelum P. Marselinus Agot, SVD. Pengangkatan beliau tertuang dalam SK Pengangkatan nomor 347/SK/YSSAR/II/2002. Adapun pembebasan tugasnya tercatat dalam SK Pembebasan nomor 352/SK/YSSAR/VII/2002. Beliau merupakan guru PNS yang diperbantukan untuk mengajar matapelajaran Matematika dan Bahasa Inggris di SMAK Santo Ignatius Loyola sejak tahun 1985 sampai Juli 2007.

Pater Marsel Agot, SVD menempati posisi Kepala SMAK Santo Ignatius Loyola sejak tanggal 15Juli 2002 hingga 5 Desember 2002. Pengangkatan beliau tercatat dalam SK Pengangkatan nomor: 09/YPA/V/2002. Adapun SK Pembebasan tugasnya tertuang dalam SK Pembebasan nomor: 23/SK/F.YASPENDAR/XII/2002.

Pater Yanuarius Mali Bau, SVD pernah menjadi Plt. Sejak tanggal 9 September 2002 sampai 5 Desember 2002. Pengangkatan beliau tertuang dalam SK Pengangkatan No. 20/VB//YPA/IX.2002, 9 September 2002. Adapun pembebasan tugasnya tercatat dalam SK Pembebasan nomor  24/SK/F.Yaspendar/XII/2002, tanggal 5 Desember 2002.

Pater Patris Meko, SVD menduduki posisi Kepala SMAK Santo Ignatius Loyola sejak tanggal 20 Oktober 2003 hingga 11 Oktober 2006. Pengangkatan beliauter catat dalam SK Pengangkatan No.37/VB/SK/YPA/X.2003,18Oktober 2003. Adapun SK Pembebasan tugasnya tertuang dalam SK Pembebasan No. 37/VB/SK/YPA/X.2006, tanggal 11 Oktober 2006. Beliau menjalankan tugas sebagai guru Bahasa Jerman dan Kesenian sejak tanggal 30 April 1990  sampai  9 juni 2007.

Pater Yosef menempati posisi Kepala SMAK Santo Ignatius Loyola sejak tanggal 11 Oktober 2006 hingga 16 September 2011. Pengangkatan beliau tertuang dalam SK Pengangkatan nomor 38/VB/SK/YPA/X.2006, 11 Oktober 2006. Adapun SK Pembebasan tugasnya tercatat dalam SK Pembebasan nomor 94/VB/SK/YPA/IX.2011, 16 September 2011. Selama bertugas di SMAK Santo Ignatius Loyola, beliau mengajar matapelajaran Bahasa Indonesia.

Pater Yeremias G. Bero, SVD menjabat Kepala SMAK Santo Ignatius Loyola sejak tanggal 17 September 2011 hingga 31 Agustus 2021.  Pengangkatan beliau tercatat dalam SK Pengangkatan nomor 95/VB/SK/YPA/IX.2011,  17 September 2011. Adapun SK pembebasan tugas beliau tertuang dalam SK nomor....................

Pater Gusti Naba,SVD menjabat Kepala SMAK Loyola sejak tanggal 1 September 2021 hingga sekarang. Pengangkatan beliau tercatat dalam  SK Pengangkatan nomor 55/VB/YPA/IX/2011, 01 September 2021.