YAPENKATILA mendirikan SMAK Santo Ignatius Loyola Labuan Bajo pada hari Senin, 18 Juli 1983 dan mengelolanya sampai tanggal 9 Juni 1985. YAPENKATILA yang diketuai oleh Paulus Musa didirikan oleh beberapa tokoh Katolik yang memiliki keprihatinan social atas situasi waktu itu. Awalnya, para tokoh tersebut membentuk sebuah kelompok STRATEGIS, sejak tanggal 20 Agustus 1967 dengan anggota: Paulus Musa, Yoseph Adu, Anton Hantam, Saverinus Urus, dan Wilem Waku, dengan penasihat Gabriel Gampur. Kelompok STRATEGIS sebagai kelompok kerasulan awam merasa prihatin dengan kondisi yang dihadapi di Labuan Bajo. Mereka pun membentuk Yayasan Pendidikan Katolik Santo Ignatius Loyola dan mengusahakan transmigrasi untuk mengisi kekosongan tanah di Labuan Bajo dan sekitarnya. Selanjutnya, YAPENKATILA menyerahkan pengelolaan SMAK Santo Ignatius Loyola kepada SVD Provinsi Ruteng.

YSSAR yang berada di bawah naungan SVD Provinsi Ruteng mengelola SMAK Santo Ignatius Loyola Labuan Bajo sejak tanggal 9 Juni 1985 sampai tanggal 7 Juni 2002, dengan Ketua Yayasan sebagai berikut:

P. Gerulfus Kherubin Pareira, SVD menjadi Ketua Yayasan Serikat Sabda Allah Ruteng (YSSAR sejak tanggal 9 Juni 1985 sampai Desember 1985. Adapun pengangkatan beliau sebagai Ketua YSSAR Desember 1980. Surat pengangkatan tersebut ditanda tangani oleh Sivester Yosef Tjuang,SH/Wakil Notaris Sementara di Kupang.

P. Fransiskus Pora Ujan,  SVD

Pater Frans Pora, SVD menjabat Ketua YSSAR sejak tahun 1986 sampai tahun 1992. Pengangkatan beliau terdaftar dalam Akta Notaris Nomor 4 pada tanggal 3 Februari 1987. Surat pengangkatan tersebut ditandatangani Silvester Yoseph Membattfeto, SH/Notaris di Kupang.

P. Aloisius Mitan, SVD

Pater Alo Mitan, SVD menjabat sebagai Ketua YSSAR sejak tahun 1993 sampai tahun 1999. Pengangkatan Pater Alo Mitan, SVD tertuang dalam Akta Notaris Nomor 4 yang ditandatangani pada tanggal 3 Februari 1987 oleh Silvester Yoseph Membattfeto, SH/Notaris di Kupang.

P. Yohanes Djuang Somi, SVD

Pater Yan Djuang, SVD mengepalai YSSAR terhitung sejak tahun 2000 sampai tanggal 6 Juni 2002. Pada saat YSSAR menyerahkan sepenuhnya tanggungjawab pendidikan pada Yayasan Pendidikan Arnoldus Labuan Bajo (YANPENDAR), Pater Yan masih dipercayakan untuk menjabat posisi penting tersebut. Pengangkatan beliau tercatat dalam Akta Notaris Nomor 07 yang ditandatangani Clemens Nggotu, SH/ Notaris Sementara di Ende pada tanggal 5 Desember 2002. Pater Yan menjabat sebagai Ketua sejak tanggal 7 Juni 2002 sampai 4 Desember 2002. Adapun Surat Keputusan (SK) Pembebasan beliau dari tugas dan tanggungjawab sebagai Ketua YANPENDAR tercatat dalam SK No.21/SK-F-ASPERDAR/XII/2002.